Wie auch andere Staaten setzt die tschechische Regierung auf die unwiderrufliche Verbringung in der Tiefe – das tiefengeologische Endlager.
Allerdings ist keine derartige Anlage weltweit in Betrieb.

Ein Standort für ein solches Endlager muss eine Reihe von Kriterien erfüllen:
Ein großflächiges Gesteinsmassiv wird benötigt, welches keine Risse oder Furchen aufweist, wo Erdbeben ausgeschlossen sind, aber die Wärmeabfuhr garantiert ist. Diese Stabilität ist über die gesamte Dauer notwendig, die der radioaktive Abfall gefährlich bleibt.

Ebenso muss ausgeschlossen werden können, dass Grundwasser in das Endlager einsickern kann, da eine schrittweise Korrosion frühzeitig die Abfallcontainer beschädigen würde. Diese werden allerdings früher oder später auf jeden Fall versagen und sobald Wasser in das Endlager eindringt, gelangen die radioaktiven und toxischen Stoffen an die Oberfläche oder kontaminieren Trinkwasserquellen.

Verantwortliche für diese Problematik ist in der Tschechischen Republik SURAO, die Staatliche Atommüll-Behörde.

Zurzeit hat sie neun Kandidatenstandorte im Visier:  

- Umgebung von Lubenec und Blatno (Standort Čertovka)

- Pačejov im Bezirk Pilsen (Standort Březový potok)

- Jistebnice bei Tábor (Standort Magdaléna)

- Lodhéřova bei Jindřichův Hradec (Standort Čihadlo)

- Rohozná bei Jihlava (Standort Hrádek)

- Budišov bei Třebíč (Standort Horka) und

- Rožná bei Žďár (Standort Kraví hora).

Standorte in der unmittelbaren Umgebung der AKWs
- Dukovany (Na Skalním-EDU západ) und

- Temelín (Janoch-ETE jih). 

Als Reservestandort gilt auch noch der Truppenübungsplatz Boletice in Südböhmen.